1387 m. Jogaila Žeimių dvarą užrašė Skirgailai, vėliau dvaras atiteko Zavišoms, XVII a. – Medekšoms. 

1676–1690 m. D. Medekša pastatė centrinius dvaro rūmus. Nuo 1780 m. dvaro šeimininkai – Kosakovskiai.

1940 m. dvaras buvo nacionalizuotas. Po II pasaulinio karo čia įrengti butai, biblioteka. 1959–1965 m. dvare veikė žemės ūkio technikumas, vėliau įrengtas moksleivių bendrabutis.

Šiuo metu dvaras privatizuotas. Atkuriamas privačiomis, taip pat viešomis lėšomis (ES ir kt. projektų pagalba). Dvare ir jo prieigose vyksta edukaciniai, kultūriniai renginiai.